У института давние связи с научно-исследовательскими учреждениями РАН Москвы (Институт Дальнего Востока, Институт востоковедения, Институт российской истории, Институт этнографии и антропологии, Институт археологии); Санкт-Петербурга (Музей антропологии и этнографии им. Петра Великого — Кунсткамера); Новосибирска (Институт истории, Институт археологии и этнографии); Урала (Институт истории и археологии УрО); Бурятии (Институт монголоведения, буддологии и тибетологии СО).
Проводятся совместные исследования с архивными учреждениями: Российским государственным историческим архивом Дальнего Востока, архивами Приморского и Хабаровского краев, Сахалинской области.
Осуществляется многоплановое сотрудничество с вузами дальневосточного региона (ДВФУ, АмГУ, ХГГУ, АмГПГУ, КНАТУ, БлГПУи др.) в научно-исследовательской работе и подготовке специалистов высшей квалификации. В некоторых вузах региона (ДВФУ, АмГУ) Институтом созданы базовые кафедры.
С первых лет основания институт установил связи с зарубежными организациями. С начала 1990-х годов международные связи института значительно расширились. Сегодня институт осуществляет контакты с университетами, научно-исследовательскими учреждениями, музеями, обществами и ассоциациями ученых Австралии, КНР, Республики Корея, США, Японии и др.
Среди зарубежных партнеров института Академия общественных наук провинций Хэйлунцзян, Ляонин, Цзилинь (КНР); Осакский государственный университет (Япония), Центр славянских исследований университета Хоккайдо (Япония); Государственный исследовательский институт культурного наследия Республики Корея и др.
Используются разные формы сотрудничества: обмен делегациями, научной литературой, периодическими изданиями, организация и проведение совместных научных конференций, симпозиумов, археологических и этнографических экспедиций, стажировки ученых и др. Только за пять последних лет на территории Приморского края проведено более 30 международных конференций и симпозиумов, 15 совместных археологических и 6 этнографических экспедиций. В числе традиционных научных мероприятий Института – ежегодные российско-японские симпозиумы историков и экономистов ДВО РАН и района Кансай, Япония (поочередно в гг.Осака, Киото и во Владивостоке и Хабаровске), ежегодные российско-корейские форумы совместно с Фондом изучения истории Северо-Восточной Азии (поочередно во Владивостоке и Сеуле), конференции археологов и антропологов Дальнего Востока (один раз в три года), Крушановские чтения (с 1998 г., один раз в два года), конференции молодых историков (с 1992 г., один раз в два года).